서울대학교병원 의공학과는 1979년 6월 14일 개설된 이래, 의료기기의 유지보수 , 안전관리 및 자산관리와 의공학 분야의 연구개발을 담당해 오고 있다. 

의공학과는 과장 및 의무장 이하 31명의 직원이 진료부서의 의료기기 특성을 고려하여 의공기술지원, 의료장비안전, 영상진단기기, 임상치료장비, 의료장비자산 5개 파트로 조직되어있으며, 주 업무는 의료기기 유지보수 안전관리, 의료기기 구매 검수 및 자산관리, 의료기기 도입 심의, 임상 및 연구를 위한 수행 업무를 담당하고 있다. 해당 분야에 대한 전문성을 갖추고, 병원 내 의료기기의 전반적인 안전 관리를 수행하여 임상 부서의 진료를 지원한다.

체계적인 의료기기 관리를 위해 HIS 의료기기관리시스템을 구축하여 의료기기 자산등재 관리, 고장신고 관리, 용역 관리, 예방점검, 비용관리 및 장비 교체 평가 등의 업무를 효과적으로 할 수 있도록 하였다.

지속적인 업무개선을 위해 2008년에 ISO9001 품질경영시스템을 도입하여 체계적인 의료기기 관리와 2012년 12월 20일 국내 병원 최초로 국제공인시험기관(KOLAS 제549호)인정을 산업통상자원부 국가기술표준원 한국인정기구로부터 획득하여 의료기기의 안전성 및 성능평가를 위한 시스템을 구축하여 업무의 신뢰성과 효율성 향상시켰으며, 의료기관 인증제 기준에 맞추어 의료의 질 향상과 환자안전을 위한 의료기기관리에 최선을 다하고 있다. 

국가 중앙병원으로서 공공의료봉사에도 적극적으로 참여와 매년 의공학 전공 학생들을 위한 현장 실습 교육 지원, 개발도상국가 병원의 직원들을 위한 의료기기 관리 기술교육을 시행하고 있다.